Vedecko-výskumnú činnosť vykonáva Múzeum SNP s cieľom nadobúdať zbierkové predmety, vedecky ich skúmať, skúmať postupy pri ich odbornom ošetrení a prinášať nové poznatky v sledovanom období našej spoločnosti a rozširovať tak vedomostný systém múzea. Historici múzea pracujú na viac ako 30 vedecko-výskumných úlohách. Tieto úlohy sa týkajú dejín slovenskej spoločnosti v rokoch 1938-1945 s dôrazom na dokumentáciu protifašistického odboja, národnooslobodzovacieho boja a Slovenského národného povstania, ako významnej súčasti európskej antifašistickej rezistencie v rokoch 2. svetovej vojny; dokumentácii povojnových súdnych procesov, rehabilitácie povstalcov a súčasných prejavov neofašizmu, rasovej neznášanlivosti a intolerancie, ako súčasť kultúrneho dedičstva.
