21. storočie prinieslo v histórii Múzea SNP množstvo zmien. Pri príležitosti 60. výročia SNP bolo v pietnej sieni znovu odhalené súsošie Obete varujú. Najradikálnejšou zmenou však prešla stála expozícia múzea. Úplne nová expozícia s názvom Slovensko v protifašistickom hnutí odporu Európy v rokoch 1939–1945 bola inštalovaná s cieľom zakomponovať a využiť netradičný interiér Pamätníka SNP. V porovnaní s predchádzajúcimi expozíciami ide o tematicky, obsahovo a materiálovo najrozsiahlejšiu expozíciu v dejinách múzea, ktorá prezentuje rozhodujúce politické, vojenské a spoločenské udalosti v histórii Slovákov a Slovenska v kontexte s dejinami Európy rokov 1918 – 1948. Od roku 2006 pripravilo Múzeum SNP v rámci svojej novej filozofie „otvoreného múzea“ a v rámci obsahu „z úcty k národným dejinám” niekoľko úspešných projektov, ktoré boli úspešne prezentované aj v zahraničí. Projekty priniesli do slovenského múzejníctva nové formy prezentácie a dodnes rezonujú v odborných kruhoch ale aj v laickej verejnosti.
