Podobne ako počas 1. svetovej vojny politickú iniciatívu na obnovu ČSR mali podporiť čs. zahraničné vojenské jednotky. Tie sa stali organickou a najpočetnejšou zložkou čs. zahraničného odboja.
Poľsko – Koncom apríla 1939 vznikla v Krakove čs. vojenská skupina vedená neskôr pplk. L. Svobodom. V lete 1939 sa väčšina z asi 1200 vojakov prepravila šiestimi námornými konvojmi do Francúzska, kde sa črtali lepšie možnosti ich organizovania. Výstavba českých a slovenských légií bola oficiálne povolená dekrétom poľského prezidenta Moścického z 3. 9. 1939. Rýchly nemecký postup však už nedovolil, aby z jednotky vznikol bojaschopný celok a niekoľko jej príslušníkov sa zúčastnilo obrany Tarnopolu 15. septembra 1939. O tri dni neskôr už hlavná časť jednotky dostala na ústupe na územie obsadené Červenou armádou, ktorá ju internovala.
Francúzsko – Prílev stoviek utečencov z bývalého Československa a niekoľkotisícová krajanská komunita vo Francúzsku, spolu s dobrovoľníkmi prepravenými s Poľska, umožnila čs. exilu zorganizovať na francúzskej pôde väčšie vojenské jednotky. V septembri 1939 sa tu nachádzalo už niekoľko tisíc čs. dobrovoľníkov, ktorým bol pridelení výcvikový tábor v juhofrancúzskom mestečku Agde. Postupne bolo možné sformovať pešiu divíziu, ktorej pôvodne velil gen. Rudolf Viest. V júni 1940 mala približne 11 tisíc príslušníkov, z ktorých necelú polovicu tvorili Slováci. Do bojov boli nasadení až koncom bojov o Francúzsko, zatiaľ čo čs. letci boli hojne využívaní už niekoľko mesiacov predtým a tvorili relatívne významnú časť francúzskeho letectva.
Veľká Británia – Po porážke Francúzska v lete 1940 evakuovalo viac ako 4000 čs. vojakov a asi 500 civilných osôb do Veľkej Británie. Pozemné vojsko zostalo relatívne samostatné pod čs. velením. Letci sa stali po dobu vojny súčasťou dobrovoľníckej zálohy britského kráľovského letectva (RAF) s možnosťou zriadiť si vlastné čs. jednotky. Od júla 1940 do mája 1941 boli zorganizované tri stíhacie a jedna bombardovacia peruť. Podieľali sa na všetkých významnejších operáciách RAF počnúc leteckou bitkou o Veľkú Britániu, strategickým bombardovaním Nemecka a ničením Luftwaffe až po inváziu do Európy. V čs. perutiach britského RAF slúžilo počas II. svetovej vojny 1250 až 1500 osôb, z nich viac ako 10 % tvorili Slováci.
Pozostatky niekdajšej 1. čs. divízie z Francúzska boli sústredené v tábore Cholmondeley pri Chesteri. Po príchode čs. jednotky zo Stredného východu sa zorganizovala 1. čs. samostatná obrnená brigáda počítajúca okolo 4500 mužov, z ktorých asi 20 % tvorili Slováci. Až do otvorenia druhého frontu v Európe v lete 1944 nebola jednotka bojovo nasadená. Namiesto toho sa čs. armádne velenie v zahraničí sústreďovalo napr. na malé výsadkové akcie, ktoré mali podporiť domáci odboj (najmä v Protektoráte). Verejnosti najznámejšou akciou je atentát na zastupujúceho ríšskeho protektora Reinharda Heydricha 27. mája 1942 uskutočnený Čechom Jánom Kubišom a Slovákom Jozefom Gabčíkom.
Po invázii spojeneckých armád v Normandii bola začiatkom septembra 1944 brigáda pridelená k obliehaniu severofrancúzskeho prístavu Dunkerk, ktoré trvalo až do skončenia vojny.
Blízky Východ a severná Afrika – V júni 1940 začali na Blízkom východe vznikať základy tunajších čs. jednotiek, z ktorých bol o niekoľko mesiacov vytvorený 11. čs. peší prápor. Okrem čs. utečencov z Bejrútu ho tvorili najmä emigranti z Palestíny či Egypta. V októbri 1941 bolo približne 600 príslušníkov jednotky presunutých do významného stredomorského prístavu Tobrúk, kde pomáhali spojeneckým útvarom odolávať nemeckým útokom.
Sovietsky zväz – Čs. vojenské jednotky v Sovietskom zväze sa formovali na základe dohoda medzi vrchným veliteľstvom ZSSR a vrchným čs. veliteľstvom z 21. septembra 1941. Operačne boli podriadené sovietskemu veleniu, ale vo všetkých organizačných a personálnych záležitostiach podliehali veliteľstvu čs. branných síl. Základ jednotky lokalizovanej v priuralskom meste Buzuluk tvorilo 93 bývalých príslušníkov Légie Čechov a Slovákov, ktorí sa porážke Poľska v septembri 1939 dostali do sovietskeho zajatia. Po prihlásení sa stoviek bývalých čs. občanov z územia Sovietskeho zväzu do jej radov sa postupne sformovala 1. čs. samostatnú brigáda, ktorej velil pplk. Ludvík Svoboda. Prílev zajatých a prebehnutých slovenských vojakov, ako aj tisícov volyňských Čechov umožnil v apríli 1944 vytvoriť 1. čs. armádny zbor. Koncom leta 1944 dosiahol počet 16 000 príslušníkov, z ktorých asi 1/5 tvorili Slováci. Výraznú slovenskú prevahu mala však jeho paradesantná brigáda. Okrem viacerých bojov na Ukrajine boli príslušníci zboru nasadení najmä v Karpatsko-duklianskej operácii, resp. paradesantná brigáda aj v povstaní. Po mobilizácii na oslobodených územiach východného Slovenska dosiahol zbor stavu vyše 90 000 príslušníkov. Najťažšie, vyše dvojtisícové straty, boli zaznamenané v bojoch o Dukliansky priesmyk, ale aj pri oslobodzovaní Liptovského Mikuláša.
Proti Nemecku bojovalo na území ZSSR tiež niekoľko stoviek Slovákov ako príslušníkov partizánskych skupín. Šlo prevažne o zbehov zo slovenskej armády. Podobne odchádzali k partizánom slovenskí vojaci aj po svojom premiestnení do Talianska na jeseň 1943.
