Obsadením Banskej Bystrice nemeckými jednotkami bojovej skupiny SS Schill 27. októbra 1944 sa fakticky končí odpor povstaleckej armády ako organizovaného celku. Pod tlakom tohto faktu úplneho zrútenia sa súvislej povstaleckej obrany sa povstalecké vedenie rozhodlo o prechode povstalcov do hôr a o pokračovaní v odpore partizánskym spôsobom boja. Nútene sa tak realizovala už predtým viackrát slovenskými komunistami a sovietskym vedením vyzdvihovaná a preferovaná gerilová vojna, ktorej sa povstalecké velenie, vzhľadom na úplnu nepripravenosť armády na takýto spôsob boja, predtým bránilo. Napriek tomu sa podarilo viacerým jednotkám 2. čs. paradesantnej brigády, Vysokoškolského strážneho oddielu či častí jednotiek taktických skupín prejsť na partizánsky spôsob boja. Celkovo však nebol tento prechod príliš úspešný a veľká časť bývalých povstaleckých vojakov bola zajatá resp. sa dobrovoľne rozhodla vzdať sa aktívneho odporu v horách.
Podobne ako armádne velenie, aj partizánske vedenie sústredené v Hlavnom štábe partizánskych oddielov (HŠPO) sa snažilo, aby čo najviac partizánskych jednotiek počítajúcich cca 10 000 partizánov vyviazlo z obkľúčenia a dostalo sa do blízkych horstiev Veľkej Fatry, Nízkych Tatier či Slovenského Rudohoria a pokračovalo v ďalšom partizánskom boji.
Partizánske velenie, časť povstaleckej reprezentácie, vojakov a partizánov našla po ústupe do hôr svoje útočisko v zimnom tábore pod Prašivou. Toto nové centrum odporu sa prirodzene stalo hlavným cieľom protipartizánskych akcií nemeckých okupačných jednotiek v zime 1944/1945. Napriek systematickému pátraniu nemeckých jednotiek po partizánskych skupinách v masíve Nízkych Tatier sa po prvotných organizačných problémoch, defetizme a odchodoch od jednotiek, postupne darilo partizánske hnutie stabilizovať. Začali aj menšie diverzné a bojové akcie. Svoje úsilie o plnú pacifikáciu slovenského zázemia však zintenzívnila aj nemecká branná moc, ktorá si uvedomovala nebezpečenstvo koordinovania partizánskych akcií s akciami novembrovej ofenzívy Červenej armády. Preto sa nemecké velenie rozhodlo definitívne zlikvidovať partizánske hnutie na Slovensku, čoho prvotnou podmienkou bolo odrezať partizánske skupiny od svojho civilného zázemia, od zásobovacích zdrojov. Nemecké jednotky preto obsadili podhorské obce podporujúce partizánske hnutie a rozpútali teror a represálie proti civilnému obyvateľstvu napomáhajúcemu udržovať protinemecký odpor. S približujúcim sa frontom však aktivity partizánskeho hnutia rástli. V prvých mesiacoch roku 1945 boli partizánske skupiny takmer vo všetkých horských oblastiach nemeckou armádou kontrolovaného Slovenska.
Napriek veľkej snahe nemeckých orgánov o elimináciu partizánskeho hnutia na Slovensku vzhľadom k blížiacemu sa frontu, sa väčšina partizánskych jednotiek počas partizánskej vojny na Slovensku vhodným manévrovaním dostávala z obkľúčení a unikala nemeckým vojenským a trestným jednotkám. O to viac sa však ostrie represálií zameralo na skutočných a potencionálnych podporovateľov odboja z radov civilného obyvateľstva. Padli mu za obeť desiatky vypálených obcí a osád a viac ako 5000 osôb, vrátane rasovo prenasledovaných. Nemecký represívny aparát, za asistencie mocenských orgánov verných ľudáckemu režimu, sa začal budovať už krátko po začatí nemeckej intervencie koncom augusta 1944. Priamu okupáciu Slovenska jednotkami Wehrmachtu a zložkami zbraní SS tak v zázemí výdatne podporovali jednotky Pohotovostnej skupiny H bezpečnostnej polície a bezpečnostnej služby Sicherheitspolizei (SiPo) a Sicherheitsdienst (SD), ktorej jadro tvorili Einsatzkommando 13 a 14 sformované v Brne 30.-31. augusta 1944 na čele s SS-Obersturmbannführerom J. Witiskom. Jej ďalšie organické časti tvorili: Sonderkommando 7a, Sonderkommando ZbV 15, Kommando ZbV 29 a od konca januára 1945 aj Kommando ZbV 27.
Do pôsobnosti Kommanda ZbV 27 so sídlom v Prešove od septembra 1944 až do konca januára 1945 patrilo celé územie východného Slovenska. Po presune na stredné Slovensko (veliteľstvo v Žiline) pokračovalo komando vo svojej činnosti v novozriadených oporných bodoch v Ružomberku a Trstenej, ale výrazne sa podieľali aj na represiách v priestore Žilina – Čadca.
Nacistický teror a represálie najkoncentrovanejšie zasiahli stredné Slovensko. Od novembra 1944 do februára 1945 na severe stredného Slovenska pôsobilo Sonderkommando 7a (so sídlom v Ružomberku), ktoré predtým od septembra 1944 sídlilo v Senici, a na juh od neho Einsatzkommando 14 (sídliace v Banskej Bystrici), ktoré sa sformovalo už v septembri 1944 v Topoľčanoch a postupne sa presúvalo v tyle bojovej skupiny Schill resp. SS divízie Horst Wessel smerom na východ. Komando, za asistencie niektorých príslušníkov POHG, má na svedomí najväčšie represálie voči povstalcom a rasovo prenasledovaným na území Slovenska spojené s masovým vraždením v Kremničke (747 mŕtvych) a vo vápenke v Nemeckej (asi 900 mŕtvych).
Na západnom a časti stredného Slovenska malo na starosti pacifikáciu hnutia odporu Einsatzkommando 13 (so sídlom v Trenčíne) a Sonderkommando Zb V 15 (sídlilo v Nitre).
Okrem spomínaných Sonder- a Einsatzkommánd Pohotovostnej skupiny H SiPo a SD sa na potláčaní partizánskeho hnutia po povstaní výrazne podieľali špeciálne protipartizánske jednotky Abwehrgruppe 218 (krycím označením Edelweiss), či Stíhací zväz Slovenska („Josef“). V jednotke Edelweiss mal pritom svoje významné zastúpenie jej slovenský oddiel, skladajúci sa prevažne z niekdajších príslušníkov Slovenskej pracovnej služby, ktorí boli vyčlenení zo slovenskej brannej moci a podriadení nemeckej Abwehrgruppe 218. Veliteľom slovenského oddielu jednotky Edelweiss sa paradoxne stal kpt. L. Nižňanský, angažujúci sa pri prvých protinemeckých vystúpeniach povstaleckej žilinskej vojenskej posádky a neskôr zajatý. Okrem priameho boja proti partizánskym skupinám sa Edelweiss podieľal aj na retorziách civilného obyvateľstva (najznámejšie je vypálenie obce Kľak a Ostrý Grúň a zavraždenie ich 148 obyvateľov za to, že podporovali partizánske hnutie).
