Podobne ako politickú sféru chceli nacisti ovládnuť i slovenské hospodárstvo. Nemecký kapitál si už v prvom roku existencie SR zabezpečil kontrolu nad veľkými priemyselnými podnikmi, naopak, rozvoj určitých odvetví sa stal pre Nemecko nežiaduci. Podriadené postavenie Slovenska sa tiež prejavilo v umelom udržiavaní nadhodnoteného konverzného kurzu nemeckej meny voči slovenskej korune na úrovni 1 RM : 11 Ks. Pritom reálne mala ríšska marka približne polovičnú hodnotu a až do konca vojny postupne znehodnocovala. Okrem toho Nemecko najmä v záverečnom období existencie Slovenskej republiky nie vždy dodržiavalo platobnú disciplínu pri bezhotovostnom styku. Dlh Nemecka voči Slovensku na clearingovom účte tak do konca vojny presiahol 8 miliárd Ks.
Na rozvoj hospodárstva negatívne vplývali aj územné straty po Viedenskej arbitráži, ktoré obrali Slovenskú republiku o najúrodnejší pôdny fond a narušili železničnú sieť. Napriek tomu slovenská ekonomika prosperovala. Pod tento fakt sa významnou mierou podpísala vojnová konjunktúra, ale tiež šikovná hospodárska politika štátu. Nezávislým ekonómom na čele s Imrichom Karvašom a Petrom Zaťkom sa prostredníctvom rôznych opatrení darilo minimalizovať škody zapríčinené nemeckým tútorstvom. K týmto skutočnostiam treba pridať i tradičnú pracovitosť, nízku spotrebu a entuziazmus slovenského obyvateľstva vyvolaný možnosťou po prvýkrát spravovať svoju krajinu vlastnými silami.
Počas existencie slovenského štátu vzniklo viac než 200 priemyselných podnikov, postavilo sa takmer 100 km nových železníc a 287 km cestných komunikácií. Stavali sa vodné diela, prebiehala elektrifikácia obcí, rozširovala sa telegrafná a telefónna sieť, stúpal počet koncesionárov rozhlasu. Vysokú konjunktúru prežívala i poľnohospodárska výroba. Pozemková reforma rozdelila pre roľníkov 13 400 ha ornej pôdy a 18 000 ha lesnej pôdy patriacej predtým židovským vlastníkom.
Napriek mnohým nedostatkom bola v porovnaní s okolitými štátmi uspokojivá situácia aj v zásobovaní, slovenská mena bola pevná a žiadaná. Dostatok príjmov umožnil slovenskej republike realizovať mnohé sociálne opatrenia, ako boli prídavky na deti, sociálne príspevky a pod. Na rozdiel od prvej ČSR sa v slovenskom štáte podarilo odstrániť problém vysokej nezamestnanosti, k čomu okrem hospodárskeho rastu prispel najmä odchod českých zamestnancov a vyradenie osôb židovského pôvodu z ekonomického procesu. Popritom každoročne odchádzalo na sezónne práce do Nemecka 40 000 robotníkov a časť produktívneho obyvateľstva bola odvelená na front.
