Séria vojenských neúspechov nacistického Nemecka a jeho spojencov v priebehu roka 1943 viedli k nárastu opozičných nálad v slovenskej spoločnosti. Tie vyústili do vzniku ilegálnych orgánov – Slovenskej národnej rady (SNR) a Vojenského ústredia, ktoré začali pripravovať ozbrojené vystúpenie proti fašizmu. Realizáciu povstania skomplikovala silnejúca partizánska činnosť, ktorá urýchlila okupáciu krajiny Nemeckom. Povstanie tak nakoniec vypuklo 29. augusta 1944 ako reakcia na obsadzovanie slovenského územia nemeckými vojenskými jednotkami.
Okupačné sily iniciovali personálne zmeny v mocenských štruktúrach slovenského štátu, vrátane rekonštrukcie vlády. Reorganizácia sa nevyhla ani armáde, žandárstvu, polícii a štátnej bezpečnosti. Reálnu moc v krajine však v tomto období mali v rukách nacistické orgány, ktoré rozpútali na Slovensku neobyčajne krutý teror. Jeho výsledkom bolo okolo 190 masových hrobov, takmer 5 000 zavraždených osôb a viac než sto úplne alebo čiastočne vypálených obcí. Okrem toho nacisti odvliekli desiatky tisíc slovenských občanov do zajateckých a koncentračných táborov. Pri niektorých nacistických zločinoch, ako napr. vraždenie v Kremničke (747 osôb) a v Nemeckej (900 osôb), asistovali i POHG. Ako už bolo spomínané, represálie mimoriadne kruto postihli aj židovské obyvateľstvo. Okrem toho sa na vraždení civilného obyvateľstva podieľali aj niektoré partizánske skupiny. Ich vyčíňanie si vyžiadalo viac než 1000 obetí, väčšinou nemeckej národnosti (napr. v Sklenom 187 osôb).
Vypuknutím povstania sa začal konkrétny proces rozpadu slovenského štátu. Kým na západnom a východnom Slovensku sa s pomocou okupačných síl režim slovenskej republiky udržal, na povstaleckom území bola na dva mesiace obnovená Československá republika. Dvojvládie na území SR však neskončilo ani po porážke povstania 28. októbra 1944, keďže v tom čase bola československá štátnosť vyhlásená na časti východného Slovenska, ktoré oslobodila sovietska armáda. V januári 1945 sa podarilo oslobodiť Košice a Prešov, 25. marca Banskú Bystricu a 4. apríla 1945 Bratislavu. Do konca apríla 1945 bolo oslobodené takmer celé územie Slovenska, posledná 2. mája 1945 bola oslobodená obec Makov. Dňa 1. apríla 1945 evakuovala politická reprezentácia slovenského štátu pred postupujúcimi frontom na Záhorie a odtiaľ emigrovala do Rakúska. Územie Slovenska sa stalo súčasťou obnovenej ČSR.
