Oslabenie republiky po Mníchove využila Hlinkova slovenská ľudová strana (HSĽS), ktorá 6. októbra 1938 za účasti predstaviteľov ďalších strán vyhlásila autonómiu Slovenska. HSĽS sa v pomerne krátkom čase podarilo ovládnuť politický život na Slovensku. Ostatné strany boli rozpustené, rovnaký osud postihol aj ich odbory, organizácie a spolky. Zákaz postihol tiež opozičnú tlač. V decembrových voľbách do Snemu Slovenskej krajiny mohli občania voliť už len jednotnú kandidátku.
Mníchovský diktát sa priamo dotkol aj slovenského územia, a to nielen stratou Petržalky a Devína, ktoré pripadli Nemecku. S územnými požiadavkami vystúpili aj predstavitelia Poľska a Maďarska. Kým Poľsko sa uspokojilo s relatívne malými časťami území na Kysuciach, Orave a Spiši, Maďarsko žiadalo úpravu hraníc na základe sčítania obyvateľstva v roku 1910. Keďže vzájomné rokovania oboch dotknutých strán neviedli k úspechu, rozhodli ministri zahraničných vecí Nemecka a Talianska v tzv. Viedenskej arbitráži. Týmto verdiktom z 2. novembra 1938 Slovensko prišlo o 1/5 územia s 850-tisíc obyvateľmi, z toho 270-tisíc sa hlásilo k slovenskej národnosti.
V tomto období začínajú na Slovensku narastať radikálne separatistické tendencie. Praha precenila vplyv separatistov na slovenskú politiku a v noci z 9. na 10. marca 1939 vyhlásila na Slovensku výnimočný stav. Autonómna vláda na čele s Jozefom Tisom bola odvolaná, vojsko a žandárstvo zatklo 250 osôb. Nedostatočne pripravená akcia známa ako Homolov puč však skončila po dvoch dňoch neúspechom.
Tieto udalosti umožnili Nemecku použiť pri likvidácii Československa slovenskú kartu. Hitler si 13. marca 1939 pozval J. Tisu do Berlína, kde mu predostrel dve alternatívy: buď sa Slovensko odtrhne od ČSR, alebo bude vydané napospas svojmu osudu. Napriek tejto hrozbe Tiso nebol ochotný vyhlásiť samostatnosť Slovenska z cudzieho územia. Argumentoval tým, že túto právomoc má len Slovenský snem a telefonicky požiadal prezidenta Emila Háchu, aby na druhý deň zvolal zasadnutie snemu. Dňa 14. marca 1939 pod hrozbou rozdelenia slovenského územia medzi susedné krajiny poslanci jednohlasne odhlasovali vznik samostatného Slovenského štátu. O deň nato nacistická armáda obsadila české krajiny, kde vyhlásila Protektorát Čechy a Morava.
